Tercer centro anticanceroso de España, después de los de Madrid y Barcelona. Desde sus inicios pretendió ser un centro asistencial y de investigación en el cáncer. Inicialmente tenía cuatro plantas y servicios de radio y radiumterapia, radiodiagnóstico, consultas, laboratorios, salas de cirugía… Su primer director fue el doctor Ayestarán que, junto con el doctor Oreja, había manifestado la necesidad de contar con un centro contra el cáncer en Gipuzkoa, independiente al Hospital de Manteo. Con el apoyo de la Caja de Ahorros Provincial -a la que perteneció desde 1952- las obras, en el alto de Aldakonea de San Sebastián, se iniciaron en 1928, aunque no abrió sus puertas hasta 1933. En 1957 adoptó el nombre de Instituto Oncológico. En enero de 2009, con la denominación de Onkologikoa, se inaugura su nuevo edificio en la zona hospitalaria de Miramón -en el que trabajan más de 300 profesionales de diferentes ámbitos- que ha supuesto la inversión de más de 60 millones de euros. Forma parte de la obra social de Kutxa.