Se inauguró el 19 de marzo de 1960 junto al centro psiquiátrico construido unos años antes. La dirección del centro correspondía administrativamente al psiquiatra Luis Martín-Santos, director del sanatorio psiquiátrico, pero se optó por otro profesional, internista de gran prestigio y con capacidad de gestión: el doctor Carlos Elósegui, aunque se mantuvieron las jefaturas de servicio provenientes del Hospital de Manteo, como oftalmología (Dr. Azcoaga) y laboratorio (Dr. Irizar). El Sanatorio Psiquiátrico y el nuevo edificio, dependientes ambos de la Diputación Foral, constituyeron el Hospital Provincial de Guipúzcoa.
Fue un edificio moderno para su época (obra del arquitecto Muñoz Baroja) y bien dotado con cuatro plantas y habitaciones de no más de cuatro camas cada una. Tenía también habitaciones para médicos internos, escuela de enfermería y comunidad de religiosas que cuidaban enfermos.
En 1985 pasó a formar parte de la red hospitalaria de Osakidetza como centro de agudos, atendiendo, con el nombre de Hospital de Guipúzcoa, a una comarca sanitaria formada por 15 municipios y una población de 160.000 habitantes. En los 90, pasó a denominarse Hospital Gipuzkoa.