Aunque se inauguró el 12 de agosto de 1953, comenzó su actividad en el verano de 1952. Dependía del Patronato Nacional de la Lucha Antituberculosa. A este hospital se trasladaron las pacientes del sanatorio Nuestra Señora de las Mercedes (de mujeres) y los niños del pabellón infantil Doker del Hospital San Antonio Abad. Más tarde, en 1955, ingresaron los pacientes del sanatorio de Andazarrate (hombres). Con los años, la disminución de la tuberculosis aconsejó que el hospital se orientara al resto de patologías respiratorias, quedando posteriormente el centro orientado a media y larga estancia.
En 1981 se transfirió al Gobierno Vasco y en 1985 recibió el nombre de Hospital de Amara. En un edificio anexo alberga la sede de la sección delegada de la Facultad de Medicina y la Escuela Universitaria de Enfermería.