Hasta 1936 la medicina guipuzcoana vivió un período especialmente brillante y, a pesar de contar con escasos medios, Gipuzkoa fue pionera en muchas iniciativas médico-sanitarias. El Dr. Juan José Celaya apostó fuerte por el movimiento de la colegiación, logrando que en 1899 se constituyera la Junta de Gobierno del Colegio de Médicos de Gipuzkoa. El Colegio inicialmente contó con 25 médicos. Un año más tarde la gran mayoría de los médicos de Gipuzkoa -a excepción de ocho médicos civiles y dos militares- estaban colegiados. En 1916, el Colegio puso en marcha la Academia Médico-Quirúrgica y comenzó a publicar la revista Guipúzcoa Médica.
Entre los nombres propios de la vida médica guipuzcoana cabe destacar, entre otros, al reputado tisiólogo Emiliano Eizaguirre, responsable de la lucha contra la tuberculosis hasta que, en 1934, se involucró el Estado. Los doctores Luis Ayestarán y Benigno Oreja vieron la necesidad de crear un centro específico contra el cáncer independiente del Hospital de Manteo. Así, en 1933 se inauguró el Instituto Radio-Quirúrgico de Gipuzkoa.
Profesional destacado del Hospital de Manteo fue el Dr. José Beguiristain que, además de en la revista Guipúzcoa Médica, publicó en la Revista Española de la Medicina. Otra figura que trascendió los límites de Gipuzkoa fue la del médico donostiarra D. Luis Urrutia.
San Sebastián fue declarada la primera ciudad de España en cuanto a higiene. Los motivos para ello fueron, entre otros, que el Ayuntamiento propició el laboratorio químico municipal y la asistencia médica a través de la Casa de Socorro Municipal. Años más tarde, en 1925, creó el Instituto Municipal de Higiene. La higiene pública en Gipuzkoa se concretó, además, en la creación de las estaciones sanitarias de Irún y del Puerto de Pasaia. Además, para atender a quienes por falta de recursos económicos no podían contar con nodriza se contaba con la Gota de Leche y, por su parte, para resolver el grave problema de los niños abandonados, se puso en funcionamiento la Casa Cuna de Fraisoro, en Zizurkil.
A este abanico de servicios había que añadir las clínicas privadas repartidas por la capital y Tolosa, Irún y Eibar principalmente, además de otras instituciones como el Hospital de la Cruz Roja; la Casa de la Maternidad; la casa de Salud de Santa Agueda en Mondragón, y centros de beneficencia como la Casa de Misericordia; el Asilo Matía; o el Dispensario de Santa Isabel. Algunos todavía vigentes.