La Casa de Beneficencia, levantada en el solar que ocupó el convento de San Francisco, reunió la Misericordia y el Hospital Civil. La Casa de Misericordia tenía capacidad para 200 ancianos y niños. En 1887 el Ayuntamiento donostiarra compró el convento de Uba, en las proximidades del barrio de Loyola, para acoger a los niños asilados en la Misericordia. La Misericordia propiamente dicha siguió en el mismo edificio hasta que en el año 1910 se construyó el Asilo Benéfico de la Reina Victoria en terrenos de los caseríos Zorroaga y Tximitegi.